十多年前曾发生过一场惊天动地的忍界大战，让甲贺与伊贺两村死伤无数。双方的首领在死前所留下的遗腹子，就是甲贺八郎与伊贺响这对双胞胎。 多年后，突然出现了名为「成寻众」的神秘集团，成员个个都能使用高强的法术或绝世武功，他们为了夺取强大的「樱花」之力，借德川家的名义出手缉拿甲贺八郎与伊贺响。在这两人交织出的生存之路的前方，将诞生出未知现象“樱花”，乱世之影也将由此渐渐逼近……「甲贺忍法帖」完结十余年后，威胁再次逼近甲贺与伊贺！