忍者──那是在距今十分久远而古老的年代里曾经出现过、如同影子一般的存在。然而，即使时代变迁，忍者被淡忘，人们所种下的业障也并未改变。没错，忍者至今依然存在这个世界上。为了与效忠於邪恶势力的『恶忍』对抗，政府成立了一所隶属於国家的忍者养成学校，名为『国立半藏学院』。