在赫尔意图征服世界的野心被击溃后，却有股潜伏于地底的新势力趁虚而起，正打着作收渔翁之利算盘的『海底帝国』，开始以『战斗兽』大肆挥军攻向地面。仍还浸溺于和平之中的原子光（光子力）研究所，即而遭遇到了另场空前未有的新危机，连无敌铁金刚也不敌如此凛厉的猛攻。就在这一个万念俱灰的存亡旦夕之际，隐遁未死的柯博士赫然现身一声号令！