U。C。0120年，朱比特利斯级的输送舰コバヤシ丸被神秘的MS部队袭击，测试中的GUNDAMF90试作2号机被夺。神秘MS部队的真正身份是驻守火星的基奥军残党，联邦的驾驶员乘坐1号机追踪而去。