一场突如其来的神秘爆炸摧毁了X学院，X教授与JeanGray失踪。镭射眼因此而意志消沉，领队的责任落在了野性的金刚狼的肩上。除了万磁王等一干强大敌人，金刚狼的过去也如幽魂般困扰着他。
20年后，X教授从昏迷中醒来，看到的是一幅末日景象：巨大的机器人统治了世界，人类与变种人都濒临灭绝。X教授借助脑波机向现代的X战警传达指示：改变未来，拯救世界！
事件的背后隐藏着怎样的真相？不请自来的白皇后又有何目的？金刚狼能否率领X战警力挽狂澜？