高中生神名绫人在与朋友一起前往考场的路上，遭遇侵略军航空部队与防卫军之间的战斗。在被破坏的街上，绫人遭到怪异的男子意图绑架，却被谜样的美女——紫东遥给拯救了。然而，遥也将枪口指向了绫人。绫人在混乱中，与遥一起来到巨大的神殿。在那里，巨人？翼神世音正等待着……