第一次涅洛伊大战结束後20年。那场激烈战争在世界各地留下的伤痕慢慢痊癒。然而逐渐开始聚集的乌云还是在世界各地蒙上阴影，如今安宁的日子彷佛就像暴风雨前的宁静。１９３７年，扶桑皇国舞鹤海军附属小学六年级生－－（土反）本美绪，12岁。後来成为传说的魔女的她，此时还是一名不相信自己能力的少女。