企图统治数码宝贝世界和人类世界的究极魔兽，牠让尼欧培育拥有凶恶力量的亚鲁卡迪兽。然而，尼欧却反过来让亚鲁卡迪兽吸收了究极魔兽，意图创造另一个新世界。先前的分身旧艾利亚斯Ⅲ为了阻止尼欧的行径，与他展开了战斗，但最後却落得惨败的下场。为了守护数码宝贝世界的和平，太一和杰罗潜入究极魔兽城，要与尼欧展开对决！！