在一个身怀魔力的人类濒临灭绝的世界──武力的颠峰地位由刀剑换成魔法，再变为枪械。而就读于培训取缔残存之魔力威胁的『异端审问官』之专门机关，通称『对魔导学园』的草薙哮，是个完全不会用枪，只靠一口刀与敌人交锋的异类。而尊所率领的第35试验小队，又名『杂鱼小队』，是由一群劣等生拼凑而成的队伍。