2005年，日本冲绳，被宫城乔治收为养女的高中生音无小夜，每天过着平静的日子。她唯一所缺少的是一年多以前的记忆，而平静的生活也因神秘生物「翼手」的出现开始改变。哈吉，身着黑衣，演奏大提琴的青年。当他将一把与小夜命运与共的武士刀交给她时，历史的车轮终於开始转动……