碇真嗣原本过着平凡的生活。某一天，由於捡到了「核」，使得真嗣的日常生活起了极大的改变──同班同学绫波零、？流．明日香．兰格雷，以及转学生渚薰──面对接二连三出现在他们面前的「使徒」，真嗣的命运将会。。。。。。！？掀起话题的新感觉「学园福音战士」终於开始！！