自从日本开发出只有女性才能操纵的飞行超兵器“IS”（Infinite Stratos）之后，世界发生了翻天覆地的变化，女性的地位被提升到优先准位。 InfiniteStratos培育IS操纵者的学校“IS学院”每年接纳来自世界各地的优秀候补生少女。